Em 1737 solicitam ao Provincial da Ordem do Carmo que fundasse um convento nesta cidade afim de que os irmãos terceiros tivessem oportunidade de construir em anexo um templo apropriado ao seu estatuto.

Com a aprovação, transferiram-se provisoriamente para a Ermida de S. Brás, situada nas imediações do novo edifício.

 Quando o convento já se encontrava em construção, demarcou-se em 1747, o terreno destinado à Igreja da Ordem Terceira. Definiu-se então que o portal principal comunicaria com o convento, mas um portal lateral situado no transepto, daria para o largo público.

A elevada comparticipação monetária dos Irmãos Terceiros, nomeadamente dos donos da armação do atum do Medo das Cascas, contribuiu para uma rápida progressão da Igreja da Ordem Terceira, que adoptou a planta da cruz latina, tipologia pouco frequente na região. A ornamentação interior de algumas capelas começou na década de setenta, no entanto na capela-mor, a mas significativa manifestação do Rococó no referência, como expressões do Rococó, o guarda-vento e os seis retábulos laterais, utilizando já os dois retábulos colaterais o formulário Neo-clássico.

Neste templo foi sepultado o Bispo do Algarve, D. Ignácio de Santa Teresa, falecido em Faro, em 1751.

 Apesar da generosidade dos Irmãos Terceiros a construção do convento alongou-se por vários anos. Em 1792, era concluída a fachada, conforme data inscrita sobre o portal principal.

Aquando da implantação do Liberalismo, em 1834, as obras não estavam concluídas e deste modo parte das instalações conventuais foram adaptadas a cemitério da Ordem Terceira.

Entre outros serviços sociais sediados no antigo convento, destacou-se, entre 1870 e 1974, o Asilo Distrital da Infância Desvalida.